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Marshall Allen wurde vor allem bekannt durch seine Zusammenarbeit mit dem Avantgarde-Keyboarder und Bandleader Sun Ra, mit dem er seit Ende der 1950er Jahre zahlreiche Alben aufnahm; seit 1995 leitet er das Sun Ra Arkestra.
Allens Mutter war Sängerin; mit zehn Jahren begann er zunächst mit der Klarinette. Während des Zweiten Weltkriegs diente Marshall in der 92nd Infantry Division der US-Army, spielte in einer Armeeband und war in Frankreich stationiert. Nach dem Krieg studierte er Altsaxophon in Paris und spielte dort u. a. mit Art Simmons und James Moody. Nach seiner Rückkehr in die Vereinigten Staaten 1951 ließ er sich in Chicago nieder und spielte in Tanzbands. 1958 begann seine langjährige Zusammenarbeit mit Sun Ra, mit dem er bis zu dessen Tod im Jahre 1993 auftrat; daneben wirkte er an Aufnahmen mit Paul Bleys Band 1964 mit und spielte Mitte der 1960er Jahre mit Olatunjis Ensemble. Der Jazzkritiker Scott Yanow beschrieb Allens Spielweise als die eines „Johnny Hodges from another dimension“.
Nach dem Tod von Sun Ra und John Gilmore übernahm Allen die Leitung des Arkestra und spielte drei Alben als dessen Leiter ein, A Song for the Sun, Music for the 21st Century und Live at the Paradox. Im Mai 2004 feierte Allen seinen achtzigsten Geburtstag auf der Bühne mit dem Arkestra im Rahmen von dessen Auftritt beim neunten Vision Festival in New York City. 2008 trat Allen an seinem Geburtstag in der Sullivan Hall in New York City auf. Allen tritt in New York häufig mit dem Bassisten Henry Grimes auf und wirkte am Outerzone Orchestra-Projekt mit, das dem Werk von Sun Ra gewidmet ist. 1995 hat er, beispielsweise in London, auch Soloauftritte absolviert (Wikipedia).