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Bereits mit fünf Jahren erhielt Schneider Klavierunterricht; ihr Lehrer war ein aus Chicago stammender Jazzpianist. In der Schulband spielte sie Klarinette und Violine. Nach einem Musikstudium an der University of Minnesota (B.A. 1983), der University of Miami und der Eastman School of Music (M.A. 1985) kam Schneider 1985 nach New York City. Hier absolvierte sie von 1986 bis 1991 ein privates Kompositionsstudium bei Rayburn Wright, nach dessen Tod 1990 bei Bob Brookmeyer. Dieser führte sie bei Mel Lewis ein, der mit seinem Orchester einige ihrer Kompositionen aufführte. Zur selben Zeit wurde sie Assistentin des Arrangeurs Gil Evans und arbeitete mit ihm an zahlreichen Projekten, insbesondere der Musik zum Film Die Farbe des Geldes (The Color of Money) und der Musik für die Gil-Evans/Sting-Tournee 1987.
Maria Schneider gründete 1992 ihre eigene Big Band, das Maria Schneider Jazz Orchestra, und trat damit von 1993 bis 1998 jeden Montag im Jazzclub Visiones in New York auf. Auftragswerke schrieb sie unter anderem für die folgenden Orchester: Norrbotten Big Band, Danish Radio Orchestra, Metropole Orchestra, Orchestre National de Jazz und Carnegie Hall Jazz Orchestra. In Deutschland arbeitete sie unter anderem mit der Bigband „Blechschaden“, der WDR Big Band Köln, dem Sunday Night Orchestra, der SWR Big Band und der NDR Bigband.
In ihren Formationen arbeiteten u. a Jeff Ballard, Dave Ballou, George Flynn, Greg Gisbert, Tim Horner, Ingrid Jensen, Rick Margitza, Rich Perry, Tim Ries, Scott Robinson und Ryan Truesdell.
Schneider erhielt 1991 die Gil Evans Fellowship. Sie wurde im Down Beat-Poll der Kritiker 1997, 2001 und 2002 als „Arrangeur des Jahres“ gewürdigt. 2001 erhielt sie auch den „Readers' Poll Award“ für Arrangeure der Zeitschrift, wie auch 2004 und häufiger danach, zum Beispiel 2011 in den Reader und Kritiker Polls als Arrangeurin und Komponistin. Nachdem sie bereits zwei Mal für einen Grammy nominiert war, erhielt sie 2005 ihren ersten Grammy für ihr Album Concert in the Garden (den ersten Grammy für eine CD, die ausschließlich durch das Internet vertrieben wird). 2007 wurde ihr für ihre Komposition Cerulean Skies ein zweiter Grammy überreicht. Für ihre Komposition Dissolution, die in Zusammenarbeit mit der Pilobolus Dance Group entstand, erhielt sie den Doris Duke Award (Wikipedia).