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Ergüner erlernte das Nay-Spiel bei seinem Vater Ulvi Ergüner und seinem Großvater Suleyman Ergüner, die beide bedeutende Meister auf dem Flöten-Instrument waren und wurde geprägt von Kontakten mit dem Sufi-Orden der Mevlevi.
1969 wurde er Mitglied des Rundfunkorchester von Istanbul; 1975 ging er nach Paris, wo er Architektur und Musikwissenschaft studierte. Im Folgejahr arbeitete er mit bei den Dreharbeiten in Afghanistan zu Peter Brooks Film Meetings With Remarkable Men. Später war er auch Komponist und ausführender Musiker bei Brooks Theaterstück und Film Mahabharata.
Nach einer Studienreise im Auftrag der UNESCO durch die Türkei 1980 gründete er in Paris das Institut Mevlani, an dem klassische Musik und die Lehren der Sufi gelehrt werden. 1986 und 1987 unternahm er ausgedehnte Reisen durch Afghanistan, um traditionelle Musik aufzunehmen und zu dokumentieren. Ende 1987 gab er ein Konzert mit Musik des osmanischen Hofes in der Royal Albert Hall in London.
Kudsi Ergüner Ensemble (2012): Pierre Rigopoulos (Bendir), Murat Aydemir (Tanbur), Kudsi Erguner (Nay)
1988 gründete er die Gruppe Fasi, aus der später das Kudsi Ergüner Ensemble hervorging, und erarbeitete mit Peter Gabriel den Soundtrack für Martin Scorseses Film The Last Temptation Of Christ. In den 1990er Jahren nahm er mehrere seiner bedeutendsten Alben auf und komponierte zwei Ballette: Neva mit Carolyn Carlson für das Théâtre de la Ville de Paris (1991) und Le voyage nocturne mit Maurice Béjart für das Théâtre des Champs-Elysées (1997). 1999 gründete er mit Christof Lauer, Michel Godard und Mark Nauseef das Kudsi Ergüner Sufi-Jazz Project, mit dem er Ottomania und 2001 (mit veränderter Besetzung) Islam Blues erarbeitete, weltmusikalische Projekte, die klassische osmanische Musik mit Neuer Improvisationsmusik und Jazz verbinden (Wikipedia).