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Der klassisch ausgebildete Houle wuchs in Montreal auf und orientiert sich an Vorbildern wie den Free-Jazz-Musikern Evan Parker und Steve Lacy sowie William O. Smiths Klangexperimenten und Anthony Braxtons linearen Klangschöpfungen. Er studierte an der McGill University und der Yale University.
Houle arbeitet in Vancouver; sein erstes Album unter eigenem Namen, Hacienda wurde im dortigen Club The Glass Slipper live aufgenommen. Im Jahr 1993 war er Mitglied der Formation The Recyclers von Noël Akchoté und Steve Argüelles (Visit). 1995 arbeitete er mit der Pianistin Marilyn Crispell zusammen, 1996 im Trio mit Georg Gräwe und Joëlle Léandre. 1997 spielte Houle mit dem Trompeter Dave Douglas und dem Bassisten Mark Dresser, die auf seinem Album In the Vernacular als Gastmusiker mitwirkten. Ständige Mitglieder seiner Band sind die Violinistin Sheila McDonald, der Gitarrist Tony Wilson und der Schlagzeuger Dylan van der Schyff. Auf Double Entendre (2005), einem Album für Solo-Klarinette und elektronische Instrumente, spielt er Werke von Pierre Boulez, Paul Dolden, Giorgio Magnanensi und John Oliver. Auf seinem Album Aerials setzte sich Houle mit den Soloaufnahmen von John Carter und Jimmy Giuffre auseinander.
Houle hat im Lauf seiner Karriere mit Musikern wie Evan Parker, Georg Gräwe, Myra Melford, Phil Haynes, Joëlle Léandre, Benoît Delbecq, dem Vancouver New Music Ensemble und der Formation Standing Wave zusammengearbeitet.