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Sanders wuchs in einer musikalischen Familie auf, seine Eltern waren Musiklehrer. Er lernte zunächst Klarinette und stieg später während der High School auf das Tenorsaxophon um und machte sich mit dem Jazz vertraut. Seine frühen Vorbilder waren Harold Land, James Moody, Sonny Rollins, Charlie Parker und John Coltrane. Als Teenager spielte er auf lokalen Blues-Gigs in Little Rock und verdiente so sein Taschengeld. Nach der High School zog er nach Oakland (Kalifornien), wo er Musik studierte. Während dieser Zeit spielte er in Klubs der San Francisco Bay Area Jazz und Rhythm & Blues, und machte sich so als Musiker einen Namen.
Anfang der 1960er Jahre zog er nach New York, wo er als Berufsmusiker Fuß zu fassen versuchte. Bis 1965 konnte er jedoch keinen nennenswerten Erfolg erzielen, so dass er gezwungen war, diverse Nebenjobs anzunehmen und sogar sein Instrument verpfänden musste. In dieser Zeit spielte er gemeinsam mit einigen Vertretern des Free Jazz wie Sun Ra und Don Cherry. 1963 gründete er eine eigene Band mit dem Pianisten John Hicks, dem Bassisten Wilbur Ware und dem Schlagzeuger Billy Higgins. Die Gruppe erregte die Aufmerksamkeit von John Coltrane, so dass Sanders 1964 gebeten wurde, mit Coltranes Band aufzutreten. Die gemeinsamen Auftritte wurden bis 1965 häufiger, obwohl Sanders nie offiziell als Mitglied von Coltranes Band galt. Sanders\' und Coltranes Musik aus dieser Zeit wirft die traditionellen Jazz-Formeln und die funktionelle Harmonie über Bord und konzentriert sich stattdessen auf Töne, wie sie u. a. auf Coltranes Album Ascension von 1965 zu hören sind.
Nach dem Tod von Coltrane arbeitete Sanders überwiegend mit eigenen Ensembles, aber auch mit Alice Coltrane. Nach einem Debüt-Album für das Label ESP mit Pianistin Jane Getz veröffentlichte er von 1966 bis 1973 mehrere Alben für das Label Impulse!, gefolgt von einem Ausflug unter Arista. Von den späten 1970ern bis 1987 erschienen seine Alben beim kleinen Independent-Label Theresa. Seit 1987 veröffentlichte er unter den Labels Evidence und Timeless, wobei Evidence Theresa übernahm und seine Alben aus dieser Zeit wiederveröffentlichte. 1995 erschien Message from Home, das von Bill Laswell produziert wurde, auf dem Major-Label Verve; im Vorjahr war Sanders neben Mahmoud Ghania auf The Seven Colors of Trance (Axiom) zu hören.
Sanders gilt als einer der Begründer des Ethno-Jazz, wobei er den Islam und die spirituellen Traditionen Afrikas oft in seine Arbeiten einbezog und zum Thema seiner Musik machte (Wikipedia).