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Jones wurde als eines von zehn Kindern in eine musikalische Familie geboren. Während sein Vater im Chor sang, gelang es seinem älteren Bruder Hank Jones als Pianist, seinem jüngeren Bruder Elvin Jones als Schlagzeuger Berühmtheit zu erlangen. Thad selbst erlernte autodidaktisch das Spiel auf der Trompete. Er trat im Alter von sechzehn Jahren professionell mit Hank Jones und Sonny Stitt auf. Zwischen 1943 und 1946, während des Zweiten Weltkrieges, spielte er in verschiedenen Bands der US Army, wonach er bald wieder in seine Heimat zurückkehrte. Von 1950 bis 1953 war er gemeinsam mit seinem Bruder Elvin Mitglied von Billy Mitchells Quintett in Detroit, mit welchem er im Blue Bird Inn spielte. Er spielte einige Aufnahmen mit Charles Mingus ein, auf dessen Debut Label auch Jones’ erstes Album unter eigenem Namen entstand, The Fabulous Thad Jones. Von 1954 bis 1963 war er Mitglied von Count Basies Orchester, für den er auch arrangierte; als Arrangeur arbeitete er Ende der 1950er Jahre auch für Harry James. 1963 wirkte er an dem Album The Individualism of Gil Evans mit.
Danach arbeitete er u. a. mit Pepper Adams und gründete 1965 mit Mel Lewis das Thad Jones/Mel Lewis Orchestra, das in den folgenden dreizehn Jahren eine Institution der amerikanischen Jazz-Szene war. Die Band trat mit Musikern wie den Trompetern Bill Berry, Danny Stiles, Richard Williams, Marvin Stamm, Snooky Young und Jon Faddis, den Posaunisten Bob Brookmeyer, Jimmy Knepper, Quentin Jackson und Benny Powell, den Saxophonisten Jerome Richardson, Jerry Dodgion, Eddie Daniels, Joe Farrell, Pepper Adams und Billy Harper, den Pianisten Hank Jones, und Roland Hanna und den Bassisten Richard Davis und George Mraz auf.
Anfang des Jahres 1978 übersiedelte er nach Kopenhagen, wo er im März mit der Danmarks Radios Big Band im Jazzclub Montmartre auftrat und dabei mit dänischen Musikern wie Jesper Thilo und Allan Botschinsky unter anderem seine Kompositionen Tip Toe und A Good Time Was Had by All aufnahm. Weiterhin komponierte Jones für die Radio Bigband und unterrichtete Jazz am Königlich Dänischen Konservatorium, 1984 gründete er die Band Eclipse. Ende 1984 wurde ihm die Leitung des Count Basie Orchestra übertragen, die er jedoch wegen seines schlechten Gesundheitszustandes aufgeben musste.
Jones galt als hervorragender Trompeter und Improvisator. Charles Mingus urteilte, er sei „ …the greatest trumpet player I’ve heard in this life“. In späteren Jahren trat er auch als Komponist hervor. Seine bekannteste Komposition wurde der Jazzstandard „A Child is Born“. Einige Jazzkenner gehen jedoch davon aus, dass diese Komposition ursprünglich von seinem Pianisten Roland Hanna stammt (Wikipedia).