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Peter Herbert wuchs in Bregenz auf und besuchte von 1976 bis 1979 das städtische Konservatorium. Von 1981 bis 1986 studierte er Kontrabass und Komposition an der Universität für Musik und darstellende Kunst Graz und von 1987 bis 1989 am Berklee College of Music in Boston. Er lebte von 1989 bis 2003 in New York und ist seit 2003 in Paris ansässig.
Herbert spielte mit Art Blakeys Jazzmessengers (1986), der Aydın Esen Group (1989–1996), dem Paul Smoker/Phil Haynes „Double Trio“ (1991), dem Art Farmer Quintet (1991/1992), dem Vienna Art Orchestra (1992), mit Bobby Previte's „The Horse“ (1995–1998), dem Christian Muthspiel „Motley Mothertongue“ (seit 1996), dem Marc Copland/John Abercrombie Quartet (1997–1999), David Tronzo (seit 1998), Carol Robinson (seit 2003) und dem Samuel Rohrers „Tree“ (seit 2004). Weiterhin trat er im Eric Watson Trio (seit 2005) und mit Joachim Kühn (seit 2005) auf.
Herbert bildete ein Trio mit Uli Rennert und Klaus Gesing. Außerdem arbeitete er u.a. mit Sheila Jordan, Kenny Drew junior, George Garzone, Christine Tobin, Steve Lacy, Bob Moses, Franz Koglmann, Lucas Niggli und Tom Rainey zusammen. Seine Kompositionen wurden vom Cascabel/NYC, Absolute Ensemble NYC, Janus ensemble/Wien, Vorarlberger Symphonieorchester und ensemble plus/Bregenz uraufgeführt.
Zwischen 1992 und 2002 schrieb er 14 Produktionen für das Aktionstheater-Ensemble Wien, weiters für das Theater Kosmos Bregenz, für das Theater k.l.a.s. und das La Voz Festival of the Americas/Santa Fe/New Mexico. Seit 1991 arbeitet er regelmäßig mit dem Schriftsteller Wolfgang Mörth zusammen.
Herbert steht weltweit bei ca. 100 Konzerten pro Jahr als Solokünstler und Bandmusiker auf der Bühne. Daneben arbeitet er auch als Studiomusiker. Er hat rund 100 CDs eingespielt. 1999 gründete er das Internet Plattenlabels Aziza Music. Besonders zu betonen ist sein Engagement in der Formation des libanesischen Oud-Spielers und Komponisten Marcel Khalifé, mit dem er seit dem Jahr 2000 Konzerttourneen unternimmt.
Seit 2008 doziert er an der Anton Bruckner Privatuniversität in Linz (Wikipedia).