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Formanek studierte an der California State University. Er arbeitete als Sideman u.a. mit Freddie Hubbard, Joe Henderson, Dave Liebman, Fred Hersch und Attila Zoller, bevor 1990 sein erstes Album als Bandleader und Komponist erschien: Wide Open Spaces. An seinem zweiten Album Extended Animation wirkte erstmals der Saxophonist Tim Berne mit, der in den folgenden Jahren einer seiner wichtigsten musikalischen Partner wurde.
1994 wurde Formanek Mitglied von Bernes Quartett Bloodcount, mit dem er mehrere Alben aufnahm. Ende der 1990er Jahre tourte er mit Formanek als Duo durch die USA und nahm mit ihm 1998 das Album Ornery People auf. Im Folgejahr erschien sein Soloalbum Am I Bothering You? . Daneben tourte er mit dem Quartett des Schlagzeugers Gerry Hemingway durch die USA.
Beim Bell Atlantic Jazz Festival in New York 2000 stellte Formanek sein neues Quartett Northern Exposure vor, dem der Schlagzeuger Jim Black, der Trompeter Dave Ballou und der Saxophonist Henrik Frisk angehören. Außerdem arbeitete er seit den 1990er Jahren als Sideman u.a. mit Jane Ira Bloom, Uri Caine, Marty Ehrlich, James Emery, Lee Konitz, Kevin Mahogany, der Mingus Big Band, dem New York Jazz Collective, Daniel Schnyder, Lafayette Gilchrist, John Dierker und Jack Walrath.
Formanek, der am Baltimore Peabody Conservatory lehrt, nahm 2010 mit Craig Taborn und Gerald Cleaver ein Album für ECM auf (Wikipedia).