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Joe McPhee spielte schon mit acht Jahren Trompete, als er Unterricht von seinem Vater erhielt. Später spielte er in der Highschool-Band und während seiner US-Army Zeit in Deutschland in einer Militärkapelle. Seine Karriere begann in den 1960er Jahren unter anderem in Ensembles von Don Cherry. Seine erste Schallplatten-Einspielung entstand 1967 mit Clifford Thornton, "Freedom and Unity". Ab Ende der 1960er Jahre nahm er auf Craig Johnsons CjR-Label eine Reihe von Alben auf, wie "Underground Railroad" 1969, "Nation Time" 1970, "Trinity" 1971 und "Pieces of Light" 1974.
Ab Mitte der 1970er Jahre wurde er mit einer Reihe aufsehenerregender Einspielungen in Europa bekannt, die das Schweizer Label HatHut Records von Werner X. Uehlinger mit ihm aufnahm, wie das Album "Tenor" im Jahre 1976. In dieser Zeit lebte McPhee in Europa und arbeitete mit dem aus Marseille stammenden Gitarristen Raymond Boni und dem Saxophonisten André Jaume zusammen, die auf seinen Alben "Old Eyes & Mysteries" (1979/1980) und "Topology" (1991) mitwirkten. 1991 entstand gemeinsam das Album "Impressions of Jimmy Giuffre".
Seit den 1990er Jahren arbeitete McPhee in verschiedenen Kooperationen mit der jüngeren Generation von Musikern aus Chicago zusammen und nahm eine Reihe von Alben für das Avantgarde-Label CIMP auf. Er spielte u. a. mit Musikern wie Frank Lowe, Dominic Duval, Jay Rosen, Ken Vandermark, Peter Brötzmann und Evan Parker. Bis 2007 hat er an die 100 Tonträgereinspielungen unter seinem Namen veröffentlicht. Aktuell bildet er mit Fred Lonberg-Holm am Cello und Michael Zerang am Schlagwerk das Survival Unit Trio.
Zusammen mit Roy Campbell, William Parker und Warren Smith spielt er in dem Projekt A Tribute to Albert Ayler (Wikipedia).