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Karlheinz Miklin wuchs in Bleiburg (Unterkärnten) in musikalischer Umgebung auf und absolvierte das Realgymnasium und Konservatorium (Klavier, Tonsatz) in Klagenfurt. Im Jahr 1970 promovierte er zum Mag. phil. an der Universität Graz in den Studienrichtungen Geschichte und Germanistik. Parallel dazu begann er 1966 an der Musikhochschule Graz Saxophon für Jazz zu studieren. Eine Dissertation in Geschichte brach er 1970 ab, um die theoretische Musikausbildung durch eine dreijährige Konzerttour mit „Los Argentinos“, einer argentinischen Show-, Dance- und Jazzgruppe, abzurunden. Erst 1975 schloss er sein Musikstudium mit Auszeichnung ab und wurde dafür mit dem Würdigungspreis des Wissenschaftsministers ausgezeichnet. Im selben Jahr erhielt Miklin seinen ersten Lehrauftrag an der Jazzabteilung der Musikhochschule Graz im Fach Ensembleleitung.
Die Gründung der ersten Band, des Karlheinz Miklin Trio, erfolgte 1978. Diese Gruppe ist bis heute die wichtigste Band im Schaffen von Miklin und ist eines der ältesten noch bestehenden Ensembles im österreichischen Jazz. 1984 folgte die erste von zahlreichen Tourneen mit dem „Trio Argentina“. Seine Vielseitigkeit bewies Miklin 1985 durch die Aufführung des TV-Jazzoratorium „The Holy Grail of Jazz and Joy“ von George Gruntz, unter anderem zusammen mit Bobby McFerrin und Sheila Jordan. 1987 initiierte Miklin die Konzertreihe „Graz Meeting“ mit über hundert Konzerte von internationalen Gästen mit Lehrern und Studenten der Jazzabteilung der Musikhochschule Graz.
Als Bandleader trat Miklin bei zahlreichen Projekten in Erscheinung, unter anderem mit Albert Mangelsdorff, Art Farmer, Horace Parlan, Mel Lewis, Barre Phillips, Chuck Israels, Mark Murphy, Götz Tangerding und Sheila Jordan. Neben relevanten österreichischen Jazzveranstaltungen (Wiesen, Saalfelden, Jazz Fest Wien, Jazzherbst Salzburg, Wiener Festwochen, Bregenzer Festspiele, Steirischer Herbst) trat Miklin auf zahlreichen europäischen Jazzfestivals („Belga Jazz Festival“ Brüssel, „Mostra de Jazz Europeu“ Barcelona, „Umbria Jazz“ Perugia, „Jazz Jamboree“ Warschau, „Summer Nights“, Kiew, „Jazz Peak“ Sofia, „Euro Jazz“ Athen) auf und bereist auch Asien („Yatra Jazz Festival“ New Delhi, Bombay), Afrika („Standard Bank Jazz Festival“ Grahamstown, Südafrika), sowie Südamerika („Patagonia Jazz Festival“ Argentinien, „Cachagua Jazz Festival“ Chile). In Summe absolvierte er Auftritte in über 120 Städten in 50 Ländern weltweit.
Seit 1989 existiert auch das Karlheinz Miklin Quartett mit Fritz Pauer, Ron McClure und Billy Hart und fallweise Victor Lewis oder Adam Nussbaum. Aus dieser Gruppe entstand 2000 das Trio Miklin - McClure - Hart (Wikipedia).